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西暦33年のエルサレム。ローマ帝国の圧政の中、イエス・キリストと同じ日に隣の家で生まれ、東方の三賢者に救世主と間違えられそうになったユダヤ人の青年ブライアン（グレアム・チャップマン）は、口うるさい母親マンディ（テリー・ジョーンズ）と共に生活していた。 ある日、ブライアンは母親から、自分の父がユダヤ人ではなくローマ兵であることを告げられる。怒った彼はローマ人に復讐をするべく、レッジ（ジョン・クリーズ）率いる過激派集団「ユダヤ解放戦線」に加入する。しかし、ローマ帝国の総督ピラト（マイケル・ペイリン）の妻の誘拐計画が失敗、ただ一人ブライアンだけが生き残る。脱走した彼は、危険人物のレッテルを貼られ、逃げ惑うはめになる。 追い詰められたブライアンは、ローマ兵の目をごまかすために、教祖のふりをして説教をする。ローマ兵はごまかせたものの、民衆はブライアンのことを救世主だと勘違い。ブライアンは救世主であることを必死で否定するが、どんどん信者は増える一方で、どこまでもブライアンについてくる。「解放戦線」のメンバー、ジュディス（スー・ジョーンズ＝デイビス）と一夜を過ごしたのち、起きてみると外には大群衆が待ち受けていた。追い返そうとして何を言っても、群衆はてこでも動かない。 そうこうしているうちに捕まってしまったブライアンは、磔刑に処せられる。「解放戦線」のメンバーや、ジュディス、ついには母親にまで見捨てられたブライアンは絶望する。そこで、磔にされていた1人（エリック・アイドル）が「元気出せよ」とエンディング曲「Always Look on the Bright Side of Life」を歌いだすと、それに導かれ磔にされている全員が合唱を始める。