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In un tempo passato, Hoopa Libero invoca i Pokémon leggendari Kyogre, Groudon, Reshiram, Zekrom e Regigigas grazie ai suoi anelli, causando la parziale distruzione di una città. Viene tuttavia bloccato da un uomo che intrappola la diabolica forma all'interno di una bottiglia. Lo stesso oggetto viene ritrovato un secolo dopo all'interno di una grotta. Mentre Ash Ketchum e i suoi amici si trovano nella città che ha rischiato la distruzione molti anni prima, s'imbattono in Hoopa che mostra i suoi poteri: davanti agli occhi increduli dell'allenatore. Nello stesso luogo giunge una persona che, utilizzando la bottiglia, è in grado di trasformare Hoopa, scatenando le sue pulsioni distruttive. Vedendo gli effetti della bottiglia sul Pokémon leggendario, il Team Rocket decide di impadronirsene: il loro intervento porterà alla creazione di un Hoopa Libero e alla rottura dell'oggetto magico. Le due forme di Hoopa si trovano quindi a combattere, aiutate dalle varie forme di Pokémon leggendari.