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ゴジラシリーズ第22作。「平成シリーズ」第7作にして完結編。スペースゴジラとの戦いから1年後、南太平洋のバース島が、地下の高純度天然ウランの熱水噴射による核爆発で消滅。ゴジラとリトルゴジラも姿を消した。その1ヶ月後、赤く燃え盛る姿で香港に上陸したゴジラは、赤い熱線を吐き香港市街を蹂躙。その赤い姿はいつ核爆発を起こしてもおかしくない状態を示唆していた。一方、東京湾岸では青海トンネルの工事現場でのパイプ溶解、しながわ水族館で魚が突如白骨化するなどの怪事件が発生。やがて東京湾岸近辺に謎の怪物が出現した。その正体はかつてゴジラを葬った際に使用したオキシジェン・デストロイヤーの影響で異常進化を遂げた恐るべき生物デストロイアであった。そんな中、御前崎沖にゴジラと酷似した巨大生物が出現、その正体はバース島の消滅で影響を受けたリトルゴジラであった。一方、四国・伊方原発を襲撃したゴジラは、自衛隊のスーパーＸIIIによるカドミウム弾攻撃により体内の核分裂が抑制され核爆発は免れるが、今度は体内温度上昇によるメルトダウンによる地球崩壊の危機が訪れる。メルトダウンを阻止すべく、羽田空港沖を舞台に、デストロイアを利用した国連Ｇフォースと自衛隊によるゴジラ 撃滅作戦が切って落とされる！